「ENCODYA」は,元々CGスタジオだったChaosmonger Studioが制作したショートムービー「Robot Will Protect You」を原作としており,大企業による統治が行われているという2062年の未来都市“ニューベルリン”が舞台となる。そんなサイバーパンクな都市風景の中で,廃品を集めながら逞しく生きる孤児の少女「ティナ」と,廃品の中から拾い出され,ティナが護衛用のロボットとして蘇生させたポンコツロボット「SAM-53」は,世界を覆い始めた「グレイネス」に立ち向かうために冒険することになる。