まずはアニフリの世界観について触れておこう。アニフリの舞台は西暦2030年,パリド博士によって創られたキューブスペースという仮想現実世界だ。そこには現実では味わえない楽しみがあり,キューブスペースは全世界を網羅する巨大なコミュニティに成長していった。その強大なコミュニティを管理するためにキューブスペース委員会という組織が発足する。
しかしキューブスペース委員長であるクールディングは,キューブスペースを利用して莫大な利益を生み出そうと企んでいた。キューブスペースの開発者であるパリド博士はその陰謀を阻止するためにプロテクトシステムを施したのだが,クールディング委員長が作ったシステムに対応できずシステム同士が衝突。バグが発生し,キューブスペース全体が汚染されてしまう。そのバグを排除し,新たなキューブスペースを建設することを依頼されたのが,主人公であるアニスとフリッキーの二人なのだ。